雪莉服下藏匿在上的APTX－4869自杀，也变成了小孩，从逃离，化名灰原哀，和江川柯南合作，研究APTX－4869的解药。

在一次药实验中，小白鼠变回幼年期，雪莉猜测工藤新一有可能变成了小孩，并销毁了相关的实验数据。

再之后就是本堂瑛海，在行动中，你被赤井秀一狙击受伤，本堂瑛海重伤，被FBI抓捕，FBI调查伊森·本堂的真实份，本堂瑛海为了本堂瑛祐成为FBI的线人。

贝尔德易容成赤井务武，诱杀MI6赤井玛丽，赤井玛丽变小。

……

在某电影导演的追悼会上，斯克暗杀议员吞重彦，他认了野志保，把她掳走。

贝尔德利用幽灵船活动，试图引开江川柯南，杀死雪莉，此次行动失败，卡尔瓦多斯被赤井秀一打伤，自杀，贝尔德挟持江川柯南逃离，江川柯南得知了BOSS邮件特殊的键音《七个孩》

你在车上发现了江川柯南留下的窃听和一雪莉的发，雪莉为了保护江川柯南，把你引开。

在FBI的计划下，本堂瑛海返回组织，为了使其取得信任，赤井秀一假死，化名冲矢昂住在工藤宅。

板仓卓被杀，江川柯南冒充板仓卓与伏特加接，但是被你识破，险些被你抓到。

不久后赤井秀一也来到日本。

FBI探员朱，赤井秀一的前女友来到日本调查贝尔德。

之后，雪莉得知了野明的死讯，拒绝继续开发药，你前往研究所，把雪莉关毒气室。

南，试图通过利兰的父亲利小五郎的侦探事务所，追查你和你后的组织。

之后贝尔德宣布息影，定居日本。

就在她即将死在你的枪下时，江川柯南用麻醉针偷袭了你，你为了保持清醒，开枪打伤了自己的右臂，但是最终没能杀掉他们。

贝尔德向你隐瞒了江川和灰原的事情。

从这里开始，漫画的时间线变得非常混。

而斯克因为在暗杀的时候被记者拍下了照片，还没来得及说灰原哀就是野志保的事情，就被得到BOSS命令的你一枪打死。

之后不久，野明想要带着野志保脱离组织，据说得到你的承诺，只要为组织获取十亿日元就可以离开，野明策划了抢劫案，成功后与你谈判，最终被你杀死。

雪莉前往工藤宅确认工藤新一的死亡，第一次毫无收获，第二次发现工藤新一小时候的衣服全消失，她隐瞒不报，将工藤新一的信息改为死亡。

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……”